Tüp bebek işlemi tamamen zararsız ve kolay bir uygulama değildir. Aşağıda bu sırada karşılaşılabilecek problemler verilmiştir:

1. Tüp bebek yapılacağı gün erkek meni veremeyebilir. Daha önceki tahlillerinde meni çıkarma problemi olmayan bir erkek, eşinden yumurta toplandığı gün stres nedeniyle meni çıkarmayı başaramayabilir. Eğer böyle bir sorunla karşılaşılabilineceği önceden tahmin ediliyorsa hastaya sakinleştirici ya da ereksiyonu destekleyici ilaçlar verilebilir. Yine de olmuyorsa, penise yapılan iğne ile papaverin ya da prostaglandin enjeksiyonu yapılırsa ereksiyon sağlanabilir ve meni alınabilir. Son çare olarak iğne ile girilerek veya TESE için ameliyat yapılarak hücre elde edilmelidir. Meni vermekte zorlanan erkeklerin bu durumu daha önceden doktoruna bildirmesi uygun olur.

2. Daha önceki tahlillerinde menide hücre bulunmuş olan bazı erkeklerde, eşinden yumurta toplandığı gün alınan menilerinde hücre çımayabilir. Böyle durumlarda iğne ile çekilerek ya da TESE yapılarak hücre alınabilir.

3. Eğer dikkatli olunmazsa TESE yapıldıktan sonra iltihaplanma, skrotumda kanama ve hematom (kan birikmesi) görülebilir. Bu nedenle ameliyatın ameliyathane ortamında ve çok dikkatli ve steril şartlarla yapılması gerekir.

4. Kadından yumurta toplanırken de kanama olabilir. Çok nadir ortaya çıkan bu durum nedeniyle yumurta toplanması işlemi çok dikkatli yapılmalıdır.

5. Erkekte olduğu gibi kadında da yumurta bulunamayabilir veya yumurtalar kalitesiz olabilir. Böyle durumlarda tüp bebek uygulaması yapılamayabilir.

6. Tüp bebek için hazırlanan kadınların hormon kullanması gerekir. Hormon kullanımına ait komplikasyonlarla da karşılaşılabilir. Overlerde kist gelişmesi ciddi bir durum olup, tedavi gerektirir.

7. Kadından yumurta toplanırken tansiyon düşmesi ve bayılma da ortaya çıkabilir. Ama önlemi alınırsa, sorun olmaksızın kısa süre içerisinde düzelir.

8. Tüp bebek işlemine karar verilmesi ve işlemin gerçekleştirilmesi arasında belli bir süre geçer. Bu süre içerisinde eşlerde strese bağlı bazı psikolojik problemler görülebilir. Özellikle hormon kullanımının da etken olması nedeniyle kadınlar daha da hassaslaşırlar ve çabuk sinirlenebilirler. Eşlerin bu olaya hazırlanması ve daha duyarlı olmaları tavsiye edilir.

9. Tüp bebek çok iyi sonuçlar veren bir uygulama olmakla birlikte, hastaların yarısında hatta daha çoğunda gebelik başarılamamaktadır. Başarısız olunduğunu öğrenen çiftler ciddi bir düş kırıklığına uğrayabilirler. Bu nedenle işlemin başarı oranlarını bilerek, fazla umutlanmadan ama hevesle tedaviye girişilmelidir. Unutulmamalıdır ki bundan 10 yıl önce olsaydı bu şans da olmayacaktı. Eldeki bu fırsatın en azından bir kez denenmesi mutlaka önemlidir. Birden fazla uygulama da yapılabilir. Yine de gebelik olmayabilir. Buna hazırlıklı olunmalıdır. Çoğu çift, cocukları olmamasına rağmen mutlu ve başarılı bir hayat sürmektedirler. Son yıllarda evlat edinmeye istek artmaktadır. Evlat edinilebileceği de her zaman akılda bulundurulmalıdır.

Nihayet, teknoloji hızla ilerlemektedir. Nasıl 10 yıl önce çocuk sahibi olma şansı hiç bulunmayan çiftler şimdi çocuk sahibi olabilmişlerse, bu gün tüp bebek ile başarılı olunamamış çiftlerde de ileride başarılı olunabileceği unutulmamalıdır. Tıptaki ilerlemeleri takip etmek önemlidir. Bunun için 6 ay aralıklarla konu hakkında bilgi alınması önerilir.