Tüp bebek yapılacak erkeklerde daha önceden diğer tedavi yöntemleri denenmiş olmalıdır. Öncelikle doğal yolla çocuk olması için elden gelen yapılmalıdır. Olmazsa IUI (meninin hazırlandıktan sonra direkt olarak kadına nakledilmesi işlemidir. Burada kadından yumurta toplanmadığı için riski daha azdır, ama başarısı tüp bebekten düşüktür) denenmelidir. IUI da başarılı olmaz ise tüp bebek uygulanmalıdır.

Tüp bebek yapılmasına karar verildikten sonra erkekte menide enfeksiyon bulunup bulunmadığına bakılır ve varsa antibiyotikle tedavi edilir. Özel boyama yöntemleriyle iltihap hücreleri araştırılır ve gerekiyorsa antiinflamatuvar ilaçlarla tedavi edilir. İltihap hücrelerinin (lökositler) fertilizasyonu bozucu etkisi gösterilmiştir. E vitamininin de fertilizasyon başarısını artırıcı etkisi bulunur. Spermlerin şekli bozuksa veya lökosit sayısı fazlaysa, tüp bebek yapılmadan önce E vitamini kullanılması tavsiye edilir.

FSH hormonunun sperm sayı ve kalitesini artırıcı etkisi olabileceği ortaya konmuştur. Uygun erkeklerde bu hormon preparatlarının kullanılması önerilmektedir. Kanda testosteron hormonunun düşüklüğü de kısırlık nedeni olabilir. Eksikliğinde kullanılması gerekir. Varikosel gibi bazı hastalıklarda testislerin hormon üretim dengesi bozulmuş olabileceğinden hormon ilaçları kullanılarak bozulmuş olan bu dengenin düzeltilmesi düşünülmelidir.

Hormon preparatları gelişigüzel kullanılırsa zararlı olabilir. Bu nedenle aralıklı olarak serum hormon tahlilleri (FSH, LH, testosteron, östradiol) yapılarak kontrol edilmelidir.

Bazı erkekler tüp bebek uygulaması yapılacak gün meni vermekte zorlanabilmektedirler. Bu durum önceden konuşulursa bazı tedbirler alınabilir. Örneğin sildenafil (Viagra, Sildegra, vb) hapı verildikten sonra meni çıkarmak denenirse, ereksiyon daha kolay sağlanılabilir. Gerekirse penis içine papaverin enjeksiyonu yapılarak da ereksiyon sağlanılabilir. Hiç başarılı olunamazsa testislerden iğne ile veya ameliyat ile hücre elde etmek (TESE) de mümkündür.

Tüp bebek uygulamalarından önce bazı olgularda genetik araştırma yapmak ve bu konuda hastayı bilgilendirmek gerekir.

Tüp bebeğe alınan çiftlerde, tüp bebek öncesi erkekte testisin ilaçla tedavisi